L'endonucléase I-SceI, première endonucléase de homing identifiée, et, aujourd'hui, la plus couramment utilisée pour la recherche et l'ingénierie des génomes. L'homing endonucléases I-SceI appartient à la classe LAGLIDADG.
Elle a été découverte par l'équipe de Bernard Dujon dans les années quatre-vingt. Elle est codée par l'intron Oméga de la mitochondrie de Saccharomyces cerevisiae (levure de boulanger). Cet intron a été découvert dans l’ARN ribosomique d'un grand nombre de souches, mais pas dans d'autres. Lorsque des souches sans intron sont croisées avec des souches avec intron, l'intron se propage dans les copies du gène dépourvues d'intron par un processus de conversion génique, avec une coconversion des exons adjacents s'étendant à plusieurs centaines de paires de base. Cette conversion est déclenchée par l'activité d'endonucléase de I-SceI : I-SceI crée une cassure double brin (CDB) dans les copies des gènes dépourvues d'intron, et cette CDB est réparée par recombinaison homologue avec la copie contenant l'intron.
L'ADN cible d’I-SceI est une séquence de 18 bp. Aléatoirement, ce type de séquence se retrouve dans une paire de base sur 70 milliards (418). En conséquence, il faudrait un génome de 20 fois la taille du génome humain (3 milliards de paires de bases) pour statistiquement avoir la probabilité d’avoir un réel site de reconnaissance pour I-SceI Cette spécificité fait de I-SceI l'outil idéal pour l'ingénierie des génomes dans tous les organismes.
I-SceI est maintenant devenu un modèle pour la recombinaison induite par les méganucléases, et il est utilisé pour induire des recombinaisons chez les bactéries, les levures, les cellules mammifères, les poissons, les vers, les mouches et les plantes.