Autres méganucléases
I-CreI
La méganucléase I-CreI est une protéine de la classe LAGLIDADG que l'on retrouve chez l'algue Chlamydomonas reinhardtii. Bien qu'elle soit rarement utilisée en ingénierie des génomes, les études structurelles en font un modèle pour l'étude du clivage de l'ADN par les homing endonucléases.
I-CreI était la première protéine LAGLIDADG à avoir été cristallisée avec son ADN cible.
HO
La méganucléase HO a été la première méganucléase naturelle jamais identifiée. La méganucléase HO déclenche la modification du type sexuel chez la levure de boulanger.
La levure de boulanger Saccharomyces cerevisiae peut être haploïde ou diploïde. Des levures de type sexuel opposé, a et alpha, peuvent se conjuguer et produire une cellule diploïde. Les cellules diploïdes peuvent être mises à sporuler, donnant naissance à quatre spores haploïdes, à savoir deux spores de type sexuel a, et deux spores de type sexuel alpha. Les cellules haploïdes de type sauvage sont capables d'un changement de type sexuel à chaque cycle cellulaire, selon un processus très précis de conversion génique induite par une CDB. Le locus MAT actif sur le plan transcriptionnel, codant pour le type sexuel, est coupé par la méganucléase HO, et se sert de l'une des deux cassettes non actives comme matrice donneuse homologue, donnant naissance à un locus MATa ou MATalpha.
HO est une protéine LAGLIDADG atypique, comportant un domaine dit « doigt de zinc » dans sa partie terminale COOH, et présentant une régulation transcriptionnelle et post-traductionnelle très complexe. La réparation d'une cassure double brin (CDB) induite par HO a été largement étudiée chez la levure, et une grande partie de nos connaissances actuelles sur la réparation des CDB se fondent sur ces études.
I-TevI
I-TevI est une protéine GIY-YIG des phages T4. La biologie et la biochimie de I-TevI ont été mieux caractérisées que celles de toute autre homing endonucléase, à l'exception toutefois de I-SceI et HO. Les premières études ont montré que, comme pour I-SceI et HO, I-TevI était capable de promouvoir une conversion génique induite par une cassure double brin.